Chime es un programa (plug-in) desarrollado a partir de RasMol, con el fin de permitir la implementación de los scripts o animaciones moleculares a nivel de Web. Lo que hace el plug-in es "explicarle" al navegador (Netscape o Explorer) la forma de presentar y ejecutar los archivos "pdb", "scr" o "spt" generados por RasMol.

Una vez instalado el plug-in Chime en su computador, su navegador estará en capacidad de visitar diferentes websites con animaciones y tutoriales, construídos con el lenguaje de RasMol y con las ventajas de los archivos HTML. Estas ventajas incluyen la inclusión de diferentes formatos y colores de texto, la posibilidad de detenerse, devolverse en cualquier punto dentro del script y la posibilidad de incluir gráficos, sonido, tablas, hipertextos, etc.

Si el Plug-in de visualización de estructuras moleculares en 3D, Chime, está bien instalado podrás ver en el recuadro de la derecha un modelo de representación de una molécula de agua.

Chime permite la manipulación interactiva la molécula, se puede cambiar la representación de la molécula desde diferentes ángulos sin alterar de ninguna manera la estructura del script.

Pinchando sobre ella y arrastrando el ratón podrás moverla espacialmente para verla desde todos los ángulos.

Si no ves la siguiente animación, (en este caso una molécula de agua) debes descargar el Plug-in (si te falla el portal de MDL puedes probar en local) e instalarlo en tu ordenador:

Descarga desde MDL-Chime
Descarga local

La descarga desde el portal de MDL es un poco más complicada ya que probablemente te exigirán regístrate primero (es un trámite sencillo donde te piden algunos datos con fines estadísticos) y posteriormente podrás descargar Chime, e instátalo en tu ordenador.

La instalación es casi automática para Internet Explorer. Si utilizas Mozilla Firefox u otro navegador debes acceder a la carpeta PLUGINS de Internet Explorer y copiar y pegar los archivos de Chime en la carpeta PLUGINS de Mizilla Firefox (chime26.isu, npchime.dll, chime.html, ChimeShim.dll y NPCHIME.ZIP).

MANEJO DE MDL-Chime

Con el plugin Chime acoplado al explorador podemos (con el botón derecho del ratón) ver la molécula en 2D rendering (útil sólo para localizar los átomos por sus símbolos) y 3D rendering (verdadera utilidad en 3D).
Las opciones más interesantes son: rotar (rotation), mostrar en pantalla (display), opciones (options) y color.
Con rotation la rotación es continua, pero con el botón izdo y arrastrando, podemos girar la molécula a nuestro placer.
En display podemos elegir entre wireframe (trazo fino), sticks (bastones), ball & stick (bolas y bastones)y spacefill + Van der Waals (radios reales atómicos).
En options podemos elegir mostrar hidrógenos, enlaces (bonds), dot surface (puntos en superficie) que permite la apariencia de nubes electrónicas de los átomos en dos situaciones Van der Waals o Connolly.

2019